陸地上的哺乳動物、爬行動物，除了蛇，幾乎很少有不長腿的，腿無疑是一種最高效的行動器官，它可以用用來行走、攀爬、跳躍，以應對在地形環境複雜的陸地，而蛇為什麼要放棄這種高效的方式，而選擇匍匐爬行的方式，實在有些令人費解。
錦蛇想要瞭解蛇的這一進化動機，我們需要先瞭解其祖先。
蛇的祖先普遍被認為是一種史前蜥蜴，英國朴茨茅斯大學古生物學家於2012年，在德國索爾恩霍芬博物館的私人收藏展上，偶然發現了一種史前蛇類Tetrapodophis的化石。
Tetrapodophis化石這條蛇大約生活在9000萬年-1.5億年，科學家將Tetrapodophis定義為蛇類，因為它身體較長，擁有類似蛇的牙齒和一排腹鱗的暗示。其它特徵則類似蜥蜴。它的前腿只有1公分長，手只有5毫米，而更長的後腿可能是用於抓住獵物。
Tetrapodophis後腿骨骼這被認為是蛇類由「蜥蜴」進化而來的證據之一，當然這裡的蜥蜴並非現代意義的蜥蜴，它是在蜥蜴和蛇類共同的祖先，一種有鱗目的史前動物。
現在科學普遍認為，蛇的祖先是一種四足短小的有鱗目動物，它的外表和石龍子有些類似，我們可以從蟒蛇身上殘留有骨盆帶和後肢的蹤跡，來確認這一點。
蟒蛇殘留的骨盆帶和後肢現代蛇類的祖先確實是一種有四肢的動物，現代蜥蜴和蛇是其屬下的分支，兩者有很強的親緣關係，因此，我們可以參考一些無腳類的蜥蜴來推測蛇類的進化奧秘。
石龍子
在亞洲，生活著一種無腳類的蜥蜴，叫蛇蜥，它的身體結構明顯區別於蛇類，它頭部更為寬大、眼睛可以眨動、耳朵形狀也不同於蛇，身體結構有2/3都是尾巴。它的四肢已經完全退化，和蛇類一樣靠肌肉的收縮擴張爬行。
脆蛇蜥它們棲息于樹林茂密的丘陵地帶，能在在密林之中穿行，捕食昆蟲、蜘蛛、蚯蚓、蝸牛，無腳蜥蜴在叢林中行動，它們擅於在泥土之中尋找食物，而無腳化也更利於它們在洞穴中覓食，同樣半隻腳踏入無腳蜥蜴的石龍子在很多情況下，也會放棄用腿走路。
無腳蜥蜴的存在過程，是否能夠側面論證現代蛇類的進化原因： 史前蜥蜴朝著無腳化發展，是一種適應環境的表現。
一部分人相信，蛇的祖先生活在陸地，無腿的身體有助於在泥土、洞穴、水中捕食，也有著更高的行動效率。
帝王蛇蜥還有一些人認為，蛇本來是一種生活在海洋裡的動物，為了適應海洋的生態環境，在水生時代就已經進化掉了雙腿，而後來移居陸地後，依然保留了無腿這一特性。
兩種說法都指向同一個答案，蛇本來是有腿的，進化到沒有雙腿是基於環境的選擇。
海蛇一切似乎都合情合理，完美符合進化論，但是，今天大量蜥蜴的存在證明：蛇類的無腳化發展並不是必要之舉。和蛇擁有共同祖先的蜥蜴，靠著四肢行動，依然活得好好的，無腿化並非這類有鱗目進化的必然方向。
那前面的推測又有些說不通了，既然不是生活所迫，蛇的祖先為什麼要把自己的四肢給消滅掉呢？
針對這個問題，科學家又經過了一系列的研究，結果發現： 蛇的身上依然還存在著控制四肢生長的基因，但是這部分基因在它發育過程中被抑制了。
而蛇類四肢消失的秘密，就跟這段關鍵的基因有關。研究人員把一段蛇類的基因接到小白鼠的基因中，結果產生的小白鼠身型正常，但四肢短小。
實驗中蛇樣小白鼠所含的蛇類基因包含一個DNA段落，稱之為ZRS調控基因。ZRS對小白鼠的後肢形成非常重要，只要這一基因發生單一的突變，就會造成身體異常。在爬行動物中這段基因尤為重要，在進化過程中通常都會維持不變，但在蛇類身上卻發生了高度的變異。
蟒蛇未完全退化的後肢由此我們可以大膽猜測：蛇的誕生可能只是一個意外。
在千萬年前，某只史前蜥蜴發生了基因突變，其中表達四肢生長的基因出了問題，它的腿沒能順利長出來，但是它卻靠著匍匐滑動奇跡般的活了下來，而這種病態的基因表達得到了延續。
蛇類的誕生過程，幾乎可以解釋90%的「生物為什麼這樣進化」這樣的問題，生物的進化並不是一個精密計畫的過程，它充滿了偶然性的過程，基因突變的方向是無序的沒有規則的，只是某些變異生物又剛好活了下來。
