當年，黃藥師協同愛妻馮蘅從周伯通手里騙走了《九陰真經》秘籍，不久后黃藥師的徒弟盜走真經，馮蘅為給黃藥師默寫經文難產而死，黃藥師一度傷心墮落，恰逢此時，周伯通來桃花島尋仇（老頑童被騙了，很不開心），二人言語不和大打出手，周伯通被黃藥師打斷了雙腿：

師父一個踉蹌，右足稍跪，連出兩指，嗤嗤聲響，‘彈指神通’彈中了長胡子的雙腿，那長胡子委倒在地，滾開了站不起身。

從此周伯通被黃藥師關在桃花林中，這一關便是十多年，有趣的是，周伯通并不因此怪罪黃藥師，相反，他還有點感激黃老邪，因為黃老邪給了他一個完美的不受外人打擾的練武環境。

多年以后兩人也冰釋前嫌，周伯通贊嘆黃藥師聰明絕頂，黃藥師則感嘆周伯通境界高出自己太多：

黃藥師笑道：「老頑童啊老頑童，你當真了不起，我黃老邪對‘名’淡薄，一燈大師視‘名’為虛幻，只有你，卻心中空空蕩蕩，本來便不存‘名’之一念，可又比我們高出一籌了。東邪、西狂、南僧、北俠、中頑童，五絕之中，以你居首！」

華山一別，眾人散去，從此江湖再不相逢。

與眾人告別之后，周伯通去了百花谷，眾所周知，多年前周伯通便尋覓到了這樣一個所在，在這里養蜜蜂玩兒，此地風景宜人，兼之地下有暖氣，可謂四季如春，實乃絕妙的養老之所以。在楊過的幫助下，周伯通與一燈大師、瑛姑冰釋前嫌，三人便在此安居。

從金庸的本意來看，周伯通的結局已經注定，隱居深山，壽終正寢，是個完美的結局。

《神雕俠侶》后十三年，襄陽城破，郭靖、黃蓉夫婦雙雙殉難—— 師父頓了一頓，接著道：「襄陽城破之日，郭大俠夫婦與郭公破虜同時殉難，屠龍刀不知下落。郭祖師當時身在西川，待趕去想要相救父母親人，卻已為時不及......」如果黃藥師還活著，此時他大概一百一十幾了，可能性不大，所以，黃藥水有可能在襄陽城破之前就已逝去。

在連載版作品中，金庸先生曾經塑造了這樣一個情節，大抵上是說襄陽城破以后，郭襄舉目無親，為此她來到了桃花島找尋自己的外公，然而島上卻空無一人，那艘黃藥師打造來給愛妻殉葬的畫舫也失去了蹤跡，由此可見，晚年的黃藥師應當履行了自己的諾言，駕著畫舫出海，與亡妻埋葬一起。